2008-09 sezonuna ise yine sakatlıklarla uğraşarak başladı. Çoğu zaman oyuna yedekten dahil oldu ve sadece 19 maç oynadı. UEFA Şampiyonlar Ligi grup seviyesinde de sakatlığı yüzünden sadece Celtic FC maçında forma şansı bulabildi. Son 16'da Panathinaikos karşısındaki iki maçta da forma şansı buldu. Takımı çeyrek finalde Arsenal FC'ye elendi. Nihat ikinci maçta son 27 dakika forma şansı bulabildi.