2003-04 sezonunda Nihat, 32 maçta 14 golle oynadı. Şampiyonlar Ligi'ne geri dönen futbolcu bütün maçlarda forma giydi. Juventus FC, Galatasaray ve Olympiakos'lu grupta ikinci olarak bitiren Sociedad, sonraki turda Olimpik Lyon'a elendi. 2004 yılında İspanya'da yılın futbolcusu seçildi.[1] 2004-2005 sezonun ortasında ciddi bir sakatlık geçirerek sakatlanarak sezonu kapandı. Sakatlanana kadar son 3 sezonda Ronaldo ile birlikte La Liga'da en çok gol atan (50 üzeri) iki oyuncudan biri olma başarısını gösterdi. 2004-05 sezonunda 23 maçta 13 gol kaydetti. İlk 24 maçın 23'ünde oynadıktan sonra sakatlık geçirerek sezonu kapatmak zorunda kaldı. 2005-06 sezonu Sociedad'daki son sezonu oldu ve 32 maçta 7 gol kaydetti.